L’obligation de facturation électronique qui entrera progressivement en vigueur d’ici septembre 2027 transforme profondément la manière dont les entreprises françaises gèrent, transmettent et archivent leurs factures. Mais au-delà de la conformité technique, cette réforme s’accompagne d’un vigilance accrue de l’administration fiscale. Les contrôles seront facilités grâce à la transmission systématique des données via les Plateformes Agréées (ex PDP).
Anticiper ces contrôles devient donc stratégique pour éviter les litiges, les sanctions et les perturbations d’activité.
Comprendre le nouveau cadre de la facturation électronique
Avec la réforme fiscale 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront respecter plusieurs obligations.
Elles devront émettre et recevoir leurs factures via une Plateforme Agréée afin de garantir la conformité des formats et la transmission sécurisée des données.
En parallèle, certaines informations devront être automatiquement envoyées à l’administration fiscale, notamment :
- Les factures B2B domestiques,
- Les factures B2G (vers les administrations publiques),
- Les données d’e-Reporting pour les opérations internationales ou non assujetties à la facturation électronique obligatoire.
Cette nouvelle infrastructure permettra à l’administration d’avoir une vision quasi instantanée des flux financiers, réduisant considérablement le délai entre l’émission d’une facture et un éventuel contrôle.
Les points que l’administration pourra contrôler plus facilement
Avec la digitalisation complète des échanges, l’administration fiscale disposera de nouveaux leviers pour effectuer ses vérifications.
Elle pourra notamment analyser la cohérence des montants de TVA, comparer les factures émises et reçues avec les déclarations fiscales et identifier plus rapidement les anomalies comme :
- Des doublons ou des factures manquantes,
- Des montants incohérents,
- Des variations inhabituelles dans les volumes ou la nature des transactions.
En d’autres termes, les contrôles seront plus rapides, plus précis et plus fréquents, ce qui impose aux entreprises de s’assurer dès maintenant de la fiabilité de leurs données et de leurs processus internes.
Bonnes pratiques pour anticiper les contrôles
Mettre à jour et fiabiliser vos données
- Référentiels clients/fournisseurs : noms, adresses, numéros de TVA intracommunautaire,
- Codifications produits/services cohérentes avec les formats standard,
- Plan de comptes et règles TVA alignés avec la réglementation.
Choisir une solution conforme et sécurisée
- Plateforme Agréée immatriculée par l’Etat.
- Intégration native avec votre ERP ou systèmes métiers.
- Sécurisation des flux (chiffrement, authentification forte).
- Archivage électronique à valeur probante.
Mettre en place des contrôles internes
- Vérification automatique des données avant envoi.
- Processus d’approbation interne pour les factures à risque.
- Suivi des rejets et corrections rapides.
Documenter vos processus
- Mode opératoire de gestion des factures.
- Politique de conservation et d’archivage.
- Fiches de traitement des anomalies.
Anticiper les contrôles : un enjeu métier autant que technique
L’anticipation des contrôles fiscaux n’est pas uniquement une question technique.
Elle implique une collaboration entre plusieurs services de l’entreprise :
- Les équipes financières, pour la vérification des règles TVA et la cohérence des montants,
- La DSI, pour garantir l’intégrité des échanges et la supervision des flux,
- Les équipes achats et supply chain, pour assurer une correspondance parfaite entre commande, livraison et facturation.
En travaillant main dans la main, ces départements réduisent les risques d’erreurs et garantissent une expérience fluide, même en cas de contrôle fiscal.
Les bénéfices d’une préparation proactive
En anticipant les contrôles, votre entreprise ne se contente pas d’éviter les sanctions.
Vous gagnez également en efficacité, en réduisant le temps consacré à la recherche de documents ou à la correction d’erreurs.
Vos données deviennent plus fiables, ce qui améliore la qualité de vos analyses financières et renforce la confiance de vos partenaires et fournisseurs.
À long terme, cette préparation vous permet de transformer une contrainte réglementaire en opportunité d’optimisation et de compétitivité.
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